Sebelum Pengadilan Negeri Mandailing Natal berdiri, wilayah hukum Pengadilan Negeri Mandailing Natal berada dibawah dan merupakan zittingplaats dari Pengadilan Negeri Padangsidempuan, karena wilayah pemerintahan Mandailing Natal masih di bawah Kabupaten Tapanuli Selatan.
Pada bulan Maret Tahun 1999, terjadi pemekaran kabupaten Tapanuli Selatan yakni dengan berdirinya KABUPATEN MANDAILING NATAL, berdasarkan Undang-undang Nomor 12 tahun 1998 dengan Ibu Kotanya PANYABUNGAN.
Kemudian berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 1 tahun 2006 jo. Nomor 24 tahun 2006, didirikan PENGADILAN NEGERI MANDAILING NATAL, yang wilayah hukumnya meliputi seluruh wilayah Kabupaten Mandailing Natal.
Kelembagaan Pengadilan Negeri Mandailing Natal diresmikan oleh Ketua Mahkamah AgungRepublik Indonesia Bapak PROF.DR. BAGIR MANAN, SH.MCL pada tanggal 12 JULI 2006 sekaligus peletakan batu pertama pembangunan gedung baru di Desa Mompang Jae Panyabungan. Menandai diresmikannya Pengadilan Negeri Mandailing Natal tersebut pada hari yang sama diadakannya Pelantikan Ketua Pengadilan Negeri Mandailing Natal PERTAMA Bapak ENNID HASANUDDIN, SH.CN.MH oleh Bapak Ketua Pengadilan Tinggi Sumatera Utara Bapak MONANG SIRINGORINGO, SH.
Sampai saat ini Pengadilan Negeri Mandailing Natal memiliki 2 (dua) tempat sidang, yakni di PANYABUNGAN yang peresmian pemakaian gedungnya telah dilakukan oleh Ketua PengadilanTinggi Sumatera Utara Bapak H. Mohamad Arif, SH. Pada tanggal 22 Agustus 2007 – dan satu zittingplaats di Kecamatan Natal.
Nama MANDAILING termaktub dalam Kitab Nagarakertagama, yang mencatat perluasan wilayah Majapahit sekitar 1365 M. Hal ini berarti sejak penggalan akhir abad abad ke-14 sudah diakui adanya suku bangsa dan wilayah bernama Mandailing. Sayangnya, selama lebih 5 abad Mandailing seakan-akan raib ditelan sejarah. Baru pada abad ke-19 saat Belanda menguasai tanah berpotensi daya alam ini, Mandailing pun mencatat sejarah baru. Kemudian disusul ke masa pendudukan Jepang Penyair besar Mandailing, Willem Iskander menulis sajak monumental “Si Bulus-Bulus Si Rumbuk-Rumbuk”, mengukir tanah kelahirannya yang indah dihiasi perbukitan dan gunung. Terbukti tanah Mandailing mampu eksis dengan potensi sumber daya alam, seperti tambang emas, kopi, beras, kelapa dan karet. Kekayaan alam dan kemajuan dalam berbagai sektor, mulai dari tradisi persawahan, perairan, hingga semakin besarnya pertumbuhan ekonomi di wilayah pantai barat ini maka disebut Mandailing Godang.